1、负责流域水资源保护工作，组织水功能区的划分和向饮用水水源保护区等水域排污的控制；
  2、审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见； 
  3、承担省（自治区）界水体、重要水域和直管江河湖库及跨流域调水的水质监测工作。负责流域内干流和跨省（自治区）支流的主要河段、省（自治区）界河道入河排污口设置的审查监督；     
  4、负责《水法》、《环境保护法》、《水污染防治法》等有关流域水资源保护和水污染防治方 面法律法规的贯彻实施和执法监督检查；  
  5、负责流域水资源保护宣传、培训、信息管理工作；
  6、负责组织开展流域水资源保护科学研究及新技术的推广 
  7、承担松辽水系保护领导小组办公室的职责； 
  8、承办上级交办的其他事项 。